Le coronavirus contient des « insertions de VIH », ce qui alimente les craintes concernant « une arme biologique créée de manière artificielle »

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Au cours des derniers jours, la presse grand public a vigoureusement repoussé une théorie sur les origines du coronavirus qui a maintenant infecté plus de 70 000 personnes rien qu’à Wuhan (selon les personnes que vous croyez). La théorie est que la Chine a obtenu le coronavirus grâce à un programme de recherche canadien, et a commencé à le modeler en une arme biologique à l’Institut de virologie de Wuhan. De nombreux médias indépendants ont relayé cette information ces derniers jours.

La théorie est que le virus, qui a été développé par des experts en maladies infectieuses pour fonctionner comme une arme biologique, a son origine dans le laboratoire du Dr Peng Z., basé à Wuhan, le principal chercheur chinois sur les systèmes immunitaires des chauves-souris, plus précisément sur la façon dont leur système immunitaire s’adapte à la présence de virus comme les coronavirus et autres virus destructeurs. Cette théorie (qui n’est qu’une théorie) affirme que le virus s’est échappé du laboratoire, et le marché aux poissons du Wuhan d’où le virus est censé provenir n’est qu’une distraction.

Aujourd’hui, un épidémiologiste respecté, qui a récemment mis la main dans le plat pour avoir affirmé sur Twitter que le virus semblait beaucoup plus contagieux qu’on ne le croyait au départ, met en évidence des irrégularités dans le génome du virus qui suggèrent qu’il pourrait avoir été génétiquement modifié pour servir d’arme, et pas n’importe laquelle, mais la plus mortelle de toutes.

Dans « Uncanny similarity of unique inserts in the 2019-nCoV spike protein to HIV-1 gp120 and Gag« , des chercheurs indiens sont déconcertés par des segments de l’ARN du virus qui n’ont aucun rapport avec d’autres coronavirus comme le SRAS, et semblent au contraire plus proches du VIH. Le virus répond même au traitement avec des médicaments anti-VIH.

Pour ceux qui sont pressés par le temps, voici les principales conclusions de l’article, qui se concentre d’abord sur la nature unique du 2019-nCoV, puis observe quatre séquences d’acides aminés dans le Coronavirus de Wuhan qui sont homologues aux séquences d’acides aminés du VIH1 :

Notre arbre phylogénétique des coronavirus complets suggère que le 2019-nCoV est étroitement lié au SRAS-CoV [Fig1].

En outre, d’autres études récentes ont établi un lien entre le CoV 2019 et le SRAS-CoV. Nous avons donc comparé les séquences de glycoprotéines de pointe du 2019-nCoV à celles du SRAS-CoV (numéro d’accession NCBI : AY390556.1). Après un examen minutieux de l’alignement des séquences, nous avons constaté que la glycoprotéine de pointe du 2019-nCoV contient 4 insertions [Fig.2]. Afin de déterminer si ces insertions sont présentes dans d’autres coronavirus, nous avons procédé à un alignement multiple des séquences d’acides aminés de la glycoprotéine de pointe de tous les coronavirus disponibles (n=55) [voir tableau S.File1] dans la référence NCBI (ncbi.nlm.nih.gov), qui comprend une séquence de 2019-nCoV [Fig.S1]. Nous avons constaté que ces 4 insertions [insertions 1, 2, 3 et 4] sont uniques au 2019-nCoV et ne sont pas présentes dans les autres coronavirus analysés. Un autre groupe de Chine a documenté trois insertions en comparant moins de séquences de glycoprotéines à pics des coronavirus. Un autre groupe de Chine a documenté trois insertions comparant moins de séquences de glycoprotéines de pointe des coronavirus (Zhou et al., 2020).

Nous avons ensuite traduit le génome aligné et constaté que ces insertions sont présentes dans tous les virus de Wuhan 2019-nCoV, à l’exception du virus 2019-nCoV de la chauve-souris en tant qu’hôte [Fig.S4]. Intrigués par les 4 insertions hautement conservés propres au 2019-nCoV, nous avons voulu comprendre leur origine. À cette fin, nous avons utilisé l’alignement local du 2019-nCoV avec chaque insertion comme une requête sur tous les génomes de virus et avons considéré les résultats avec une couverture de séquence de 100 %. Étonnamment, chacune des quatre insertions est alignée avec de courts segments des protéines du virus de l’immunodéficience humaine 1 (VIH-1). Les positions des acides aminés des insertions dans 2019-nCoV et les résidus correspondants dans HIV-1 gp120 et HIV-1 Gag sont indiqués dans le tableau 1.

Les 3 premières insertions (insertions 1,2 et 3) sont alignées sur de courts segments de résidus d’acides aminés dans la gp120 du VIH-1. L’insertion 4 est alignée sur les glycosaminoglycanes (Gag) du VIH-1. L’insertion 1 (6 résidus d’acides aminés) et l’insertion 2 (6 résidus d’acides aminés) dans la glycoprotéine de pointe du 2019-nCoV sont identiques à 100 % aux résidus cartographiés à la gp120 du VIH-1. L’insertion 3 (12 résidus d’acides aminés) dans le nCoV 2019 correspond à la gp120 du VIH-1 avec des lacunes [voir tableau 1]. L’insertion 4 (8 résidus d’acides aminés) correspond à la gp120 du VIH-1 avec des lacunes.

Pourquoi les auteurs pensent-ils que le virus pourrait être d’origine humaine ? Parce qu’en examinant les insertions ci-dessus, qui ne sont présentes dans aucune des familles de coronavirus les plus proches, « il est très peu probable qu’un virus ait acquis naturellement des insertions aussi uniques en peu de temps ». Au contraire, on les trouve dans les protéines d’identification des cellules et de liaison des membranes situées dans le génome du VIH.

Comme la protéine S de 2019-nCoV partage l’ascendance la plus proche avec le SRAS GZ02, les séquences codant pour les protéines de pointe de ces deux virus ont été comparées à l’aide du logiciel MultiAlin. Nous avons trouvé quatre nouvelles insertions dans la protéine du 2019-nCoV- « GTNGTKR » (IS1), « HKNNKS », « HKNKR » et « HKNKR ». (IS2), « GDSSSG » (IS3) et « QTNSPRRA » (IS4) (Figure 2). À notre grande surprise, ces insertions de séquences étaient non seulement absentes dans la protéine S du SRAS, mais n’ont été observées chez aucun autre membre de la famille des Coronaviridae (Figure supplémentaire). Ceci est surprenant car il est très peu probable qu’un virus ait acquis naturellement de telles insertions uniques en peu de temps.

On a observé que les insertions étaient présentes dans toutes les séquences génomiques du virus 2019-nCoV disponibles dans les récents isolats cliniques. Pour connaître la source de ces insertions dans le 2019-nCoV, un alignement local a été effectué avec BLASTp en utilisant ces insertions comme interrogation avec tout le génome du virus. De manière inattendue, toutes les insertions ont été alignées avec le virus de l’immunodéficience humaine 1 (VIH 1). Une analyse plus approfondie a révélé que les séquences alignées du VIH-1 avec le 2019-nCoV étaient dérivées de la glycoprotéine de surface gp120 (positions de la séquence d’acides aminés : 404-409, 462-467, 136-150) et des protéines Gag (366-384 acides aminés) (Tableau 1). Les glycosaminoglycanes (Gag) du VIH sont impliquées dans la liaison à la membrane de l’hôte, l’emballage du virus et la formation de particules semblables au virus. Gp120 joue un rôle crucial dans la reconnaissance de la cellule hôte en se liant au récepteur primaire CD4, ce qui induit des réarrangements structurels dans GP120, créant un site de liaison de haute affinité pour un co-récepteur de chimiokine comme CXCR4 et/ou CCR5.

Et certains graphiques, qui amènent les auteurs de l’article à conclure que « ce changement structurel pourrait également avoir augmenté la gamme de cellules hôtes que le nCoV 2019 peut infecter » :

La modélisation 3D de la structure de la protéine a montré que ces insertions sont présentes au site de liaison du 2019-nCoV. En raison de la présence de motifs gp120 dans la glycoprotéine de pointe du 2019-nCoV à son domaine de liaison, nous proposons que ces insertions de motifs pourraient avoir fourni une affinité accrue envers les récepteurs des cellules hôtes. En outre, ce changement structurel pourrait également avoir augmenté la gamme de cellules hôtes que le 2019-nCoV peut infecter. À notre connaissance, la fonction de ces motifs n’est pas encore claire dans le VIH et doit être explorée. L’échange de matériel génétique entre les virus est bien connu et cet échange critique met en évidence le risque et la nécessité d’étudier les relations entre des familles de virus apparemment sans lien de parenté.

Un bon résumé des conclusions a été fourni par le Dr Feigl-Ding, qui a entamé son fil Twitter en soulignant que le taux de transmission à l’extérieur de la Chine a dépassé le taux à l’intérieur de la Chine.

Mais dans ce cas, les « preuves flagrantes » sont des morceaux du code génétique du virus que des chercheurs indiens, dirigés par Prashant Pradhan à l’Institut indien de technologie, ont découvert qu’ils pouvaient avoir été « intégrés » au VIH, qui appartient à une famille de virus entièrement différente.

La chute, il conclut ainsi : « POINT A LA LIGNE : 1) Le marché des fruits de mer n’est pas la source. 2) Ce coronavirus à une base ARN qui mute très rapidement. 3) Il a un segment moyen inhabituel jamais vu auparavant dans aucun coronavirus. 4) Pas d’après un mélange récent. 5) Ce mystérieux segment intermédiaire code la protéine responsable de l’entrée dans les cellules hôtes. »

Pour être sûr, le Dr Feigl-Ding insiste sur le fait qu’il n’essaie pas de promouvoir des « théories du complot » sur le fait que le virus est une arme biologique développée par les Chinois, bien qu’il soit difficile de trouver un nom approprié pour ce qui semble être un virus artificiel et dangereux.

Source : https://www.aubedigitale.com/le-coronavirus-contient-des-insertions-de-vih/

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